Il existe plusieurs explications racontant l’origine du nom « Mahajanga ». Parmi eux, l’histoire d’une fleur appelé Angaia que les premiers venu arabes ont découvert au bord de la mer de Majunga, aux alentours de l’année 1600. C’est eux qui ont donné à cette ville l’appellation « Mji Angaia » qui signifie cités des fleurs. Ce nom s’est évolué et est devenu Majunga, d’après les explications de Ranjatonantenaina Toky Armel, Directeur régional de la Communication et de la Culture de la Région Boeny.    Â
Betsaka ny tantara nolazaina fa nahatonga ny anarana hoe Mahajanga. Isan’ny iantsoana azy koa ny hoe « tananan’ny voninkazo ». Voninkazo madinika betsaka taty Mahajanga tamin’ny fahatongavan’ny arabo ny Angaia. Rehefa nahita izany izy ireo dia niantso ilay tanana hoe Mji Angaia izany hoe tanan’ny voninkazo. Io anarana io no nivoitra nahatonga ny anarana hoe Majanga, araka ny fanazavan’ny talem-paritry ny serasera eo anivon’ny Faritra Boeny Ranjatonantenaina Toky Armel.